In seiner Arbeit beschäftigt sich Johannes Gierlinger mit Formen des Gedächtnisses, der Erinnerung und Perspektiven des Widerstands. Dabei erkundet er Spuren, Konstellationen und Verbindungen zwischen verschiedenen Epochen und politischen Systemen. In poetisch-essayistischer Form untersucht er dabei ihre visuellen Darstellungsformen sowie historische Schichten und Muster und fragt, inwieweit deren Strukturen und Wirkungen in den heutigen Gesellschaften verwoben, sichtbar und spürbar sind.
Seine Arbeiten wurden mit zahlreichen Preisen und Stipendien ausgezeichnet, u.a. mit dem Birgit Jürgenssen Preis, dem Bmkoes Outstanding Artist Award für Film, dem Jahresstipendium für Film - Land Salzburg, dem Diagonale Dokumentarfilm Kurzfilmpreis. Er zeigte seine Arbeiten bei nationalen sowie internationalen Filmfestivals & Institution, unter anderem Visions Du Réel Nyon (CH), Belvedere21 (AT), IMPAKT Festival (NL), Werkleitz Zentrum für Medienkunst (DE), Museum der Moderne Salzburg (AT), Filmmakers Fest Milano (IT), EMAF Osnabrück (DE), CPH:DOX (DK), Bienal de Artes Mediales de Santiago (CL), Edinburgh IFF (GB), Bergamo Film Meeting (IT), Dokufest (KOS), Antimatter [Media Art] (CA), das weisse haus (AT), rotor Graz (AT), Salzburger Kunstverein (AT), Diagonale Graz (AT). Lebt und arbeitet in Wien.